Nueva York está en peligro debido a que Shredder y El Clan del Pie, dominan la ciudad y ejercen un férreo control sobre todo, incluyendo policía y políticos. Pero cuatro héroes, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, saldrán de las alcantarillas y con la ayuda de la reportera April y su compañero Vern Fenwick intentarán salvar la ciudad.